Conrad Naber Endowed Chair
Hybrid Materials Interfaces
Grenzflächen in der Bio-Nano-Werkstofftechnik

Biophysikalische Modellierung

Dozentin:
Dr. Susan Köppen

In dieser Vorlesung werden die notwendigen Kenntnisse für die Modellierung von Biomolekülen vermittelt. Grundlagen der Biochemie und der Zellbiologie werden gelegt und die Notwendigkeit einer atomistischen Kenntnis für die Erklärung und Vorhersage wichtiger biochemischer/biologischer Prozesse aufgezeigt. Methoden für die atomistische Modellierung biologischer Systeme, mit Schwerpunkt auf Moleküldynamik, werden erläutert, auch anhand von Beispielen aus der gegenwärtigen Forschung und mit Hilfe von Übungen zu allen wesentlichen Vorlesungsthemen.

Inhalt:

1) Struktur von biologischen Makromolekülen
2) Atomare Kraftfelder
3) Modelle für Lösungsmittel
4) Molekulardynamische Simulationen
5) Sampling von Energielandschaften
6) QM/MM- und Coarse-Grained-Methoden
7) Praktische Übungen mit dem MD-Programmpaket AMBER
    und dem Visualisierungsprogramm VMD.

Termine:
Donnerstags, 14:00-17:30 Uhr, Raum ECO5 3.34